Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream continua la storia delle tante avventure di Sophie e Plachta. Dopo aver lasciato la città natale di Sophie, Kirchen Bell, il duo scopre un enorme albero identico a quello che Plachta aveva visto in sogno e mentre si avvicinano, un misterioso vortice le trascina dentro. Sophie si risveglia da sola in un nuovo mondo curioso chiamato Erde Wiege, e non passa molto tempo prima che venga a sapere di una alchimista di nome Plachta che vive nella periferia della città.

Sorprendentemente, quando Sophie arriva in atelier, incontra una giovane appassionata di alchimia di nome Plachta, e anche se l’alchimista condivide lo stesso nome della sua amica, non riconosce Sophie. Quali altre sorprese attendono Sophie in questo viaggio? Mentre l’avventura continua, Sophie incontra l’aspirante alchimista Ramizel Erlenmeyer, che accetta volentieri di aiutarla nel momento del bisogno. La narrazione si svolge elegantemente con un nuovo affascinante stile visivo che combina lo stile artistico della sub-series Mysterious con la grafica e le animazioni di alta qualità presenti in Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy del 2021.

Nel suo viaggio alla ricerca della sua amica scomparsa, Sophie dovrà combattere i numerosi mostri che popolano le terre di Erde Wiege. Appena i giocatori incontrano un nemico sul campo, la battaglia inizia istantaneamente senza tempi di caricamento o schermate separate – per la prima volta nella serie – permettendo alle battaglie di scorrere senza interruzioni. Inoltre, le squadre sono ora composte da sei membri, con tre in prima fila e tre dietro, per formare due squadre che cooperano in battaglie a turni multi-collegate. Questo nuovo sistema di combattimento apre una vasta gamma di entusiasmanti strategie di combattimento che i giocatori possono utilizzare per eliminare i propri nemici.

Come per i precedenti capitoli della serie Atelier, l’alchimia gioca un ruolo importante in Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream. Il gioco si basa sul sistema di sintesi del pannello presente nella sub-series Mysterious, in cui i materiali vengono inseriti negli slot del pannello per creare nuovi oggetti. Il gioco consente sia agli aspiranti alchimisti che ai veterani di sintetizzare gli oggetti in un modo che sia comodo per loro grazie a due diversi tipi di pannelli: i pannelli regolari rendono più facile la creazione di oggetti, mentre i pannelli ristretti sono complessi da padroneggiare ma permettono la creazione di oggetti con effetti più forti da sintetizzare.